Cách dùng đông trùng hạ thảo nấu với thực phẩm rồi mới ăn nên rất vệ sinh, các thành phần có lợi trong Đông trùng hạ thảo kết hợp với các thành phần dinh dưỡng trong thực phẩm, phát huy tốt hơn nữa tác dụng làm thức ăn bổ dưỡng và trị bệnh, tuy nhiên cách chế biến này lại có thể làm mất đi một lượng nhất định các thành phần dưỡng chất trong Đông trùng hạ thảo. 

Có người còn dùng đông trùng hạ thảo bằng cách ăn trực tiếp, với cách này thì chắc chắc các thành phần bổ dưỡng trong Đông trùng hạ thảo hầu như không bị mất đi nhưng  khi ăn rất nhạt nhẽo, các thành phần dưỡng chất chỉ giới hạn ở trong Đông trùng hạ thảo, không thể kết hợp với các thành phần dưỡng chất trong thức ăn nên không thể phát huy hết hiệu quả, hơn nữa ăn như thế còn không được vệ sinh lắm.

Thực ra dùng đông trùng hạ thảo theo hai cách này đều có ưu nhược điểm, người tiêu dùng đều có thể áp dụng. Tuy nhiên tốt nhất vẫn nên dùng theo cách nấu chín mặc các thành phần dưỡng chất có thể mất đi, nhưng khi nấu dùng lửa nhỏ và hạn chế thời gian trong vòng 2 tiếng thì các thành phần dưỡng chất sẽ mất đi ít, lượng dưỡng chất mất đi sẽ đổi lại được 3 cái lợi:

- Làm Đông trùng hạ thảo vệ sinh, vì đông trùng hạ thảo được đào từ dưới đất lên, trong quá trình phơi khô, bảo quản, vận chuyển không thể tránh khỏi bị nhiễm các loại nấm mốc, những thứ càng tốt thì khi ăn chúng ta càng phải đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm.
- Có thể kết hợp với chất dinh dưỡng trong thực phẩm và các thành phần có lợi khác trong thực phẩm giúp công hiệu của đông trùng hạ thảo được nâng cao thêm một bậc.

- Các thành phần có lợi trong đông trùng hạ thảo kết hợp với thực phẩm sẽ giúp nâng cao khả năng hấp thu các chất này của cơ thể vì đối với hệ tiêu hóa của người thì thực phẩm là thứ gần gũi nhất, dễ tiếp nhận nhất.